Partindo de um tema de difícil abordagem, Mysterious Skin apresenta-nos a história de dois rapazes crescidos no Kansas (EUA), com caminhos de vida cruzados. Enquanto Neil (Joseph Gordon-Levitt) nunca conseguiu esquecer o que lhe aconteceu, Brian (Brady Corbet) procura uma resposta para os períodos de tempo que não consegue reconstituir.

Baseada no livro homónimo de Scott Heim, a trama de Mysterious Skin inicia-se na década de 80 e acompanha o crescimento de dois rapazes sexualmente abusados pelo treinador de basebol. Com mecanismos de resposta diferentes, Brian recalca o episódio e constrói um cenário de rapto extraterrestre como resposta; Neil opta pela prostituição e encara a sua sexualidade quase como arma.

Durante a década de 90 - com "Totally F***ed Up", "The Doom Generation" e "Nowhere" -, Gregg Araki habituou-nos a uma abordagem crua, in your face, e Mysterious Skin segue exactamente esse caminho, sem estabelecer juízos de valor.